La Nivelle a été proposée comme site d’intérêt communautaire en 2002. Elle doit sa désignation à sa riche faune aquatique et à la diversité des milieux présents, puisque le site comprend un réseau hydrographique complet des sources de montagne à la zone estuarienne.
Ce site Natura 2000 est un site dit “mixte” car il y a une partie terrestres et une partie marine avec la baie de Saint-Jean-de-Luz - Ciboure. Le site s’étend sur 8 communes et occupe une surface de 1 450 hectares. Le périmètre inclut la Nivelle et tous ses affluents permanents, soit un linéaire hydrographique de 233 km.
Le Comité de Pilotage du site est présidé par M. Guillaume Colas (adjoint au Maire de St Jean de Luz, délégué au développement durable) et se compose de 54 membres : 11 du collège des services de l’Etat, 13 des collectivités locales, 12 des organisations socio-professionnelles, 13 des associations et usagers et 5 scientifiques. Le membres du Comité de Pilotage (COPIL) ont désigné la Communauté d'Agglomération Pays Basque pour porter l’animation du Document d'Objectifs (DOCOB).
Parmi les actions mises en œuvre sur ce site, des inventaires sont menés pour améliorer les connaissances sur certaines espèces d’intérêt communautaire (Cuivré des marais, Cistude d’Europe) et les habitats naturels sont en cours de cartographie.
Un programme multi-partenarial d’amélioration des connaissances et de restauration de la Mulette perlière, une moule d'eau douce, est engagé depuis 2019. En effet, un projet de protection a démarré en 2022 pour une durée de 3 ans dans la rivière Nivelle. L'objectif est d'élever de jeunes mulettes avant de les relâcher dans leur milieu naturel, pour qu'à terme, elles puissent y vivre et se reproduire de façon autonome. La Communauté d'Agglomération Pays Basque pilote ce projet, en collaboration avec la Fédération de pêche des Pyrénées-Atlantiques et l'Association de pêche locale de la Nivelle. Le budget total s'élève à 99 000 euros, réparti entre :
Entre 2018 et 2024, un projet a également été mené pour contrôler la présence du vison d'Amérique, concurrent du vison d'Europe (espèce protégée). Cette action fait partie d'un programme plus large qui couvre les rivières Nive, Nivelle et les cours d'eau frontaliers avec l'Espagne depuis 2017 : quatre contrats Natura 2000 ont ainsi permis de capturer 161 visons d'Amérique. La Communauté d'Agglomération Pays Basque pilote ces projets, réalisés sur le terrain par la MIFENEC (Mission pour la protection des Espèces Natives et la régulation des Espèces Invasives) en partenariat avec le GREGE (Groupe de Recherche et d'Étude pour la Gestion de l'Environnement).Le coût total de ces opérations s'élève à 480 000 euros, financés par :