Le territoire se découpe en 5 bassins versants :

• les Côtiers basques ;
• la Nive ;
• la Bidouze
• l’Adour aval
• le Saison et les Gaves.

Chacun a ses propres caractéristiques. En effet, de leur source à l’océan, en traversant les vallées, les cours d’eaux se chargent d’affluents, d’eaux souterraines et d’eau de pluie, de la fonte des neiges. Les reliefs, les éléments paysagers comme les activités humaines influencent le débit et la qualité des cours d’eau.