Le territoire se découpe en 5 bassins versants :

• les Côtiers basques;
• la Nive;
• la Bidouze;
• l’Adour aval;
• le Saison et les Gaves.

Chacun a ses propres caractéristiques. En effet, de leur source à l’océan, en traversant les vallées, les cours d’eaux se chargent d’affluents, d’eaux souterraines et d’eau de pluie, de la fonte des neiges. Les reliefs, les éléments paysagers comme les activités humaines influencent le débit et la qualité des cours d’eau. 

Le territoire Basque comprend un réseau hydrographique dense de plus de 5 000 km de cours d’eau (10 000 km de berges).

La majorité des cours d’eau du Pays Basque sont non domaniaux, ce qui signifie que le propriétaire riverain (public ou privé) reste le premier responsable de l’entretien de ses berges et du bon écoulement des eaux. 

La Communauté Pays Basque accompagne les riverains dans leur devoir d’entretien au titre de sa compétence GeMAPI (GEstion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations) sur les bassins versants compris en totalité dans son périmètre. Ce sont les bassins versants des fleuves Côtiers Basques (de la Bidassoa à l’embouchure de l’Adour); de la Nive; de la Bidouze amont et de la Joyeuse. 

Pour les bassins versants qui dépassent les limites de son territoire, elle a transféré sa compétence GeMAPI aux syndicats de rivière en place. Ce qui permet une gestion à une échelle hydrographique cohérente. 

La Directive Cadre Européenne sur l'eau (DCE) du 23 octobre 2000 fixe le cadre de la politique communautaire sur l’eau. L’objectif est d’atteindre un bon état des masses d'eaux en veillant à la non-dégradation de la qualité des eaux. La Communauté Pays Basque a marqué son ambition de participer à l’amélioration de la qualité des cours d’eau du Pays Basque. Cette volonté s’est formalisée par la prise des compétences facultatives relatives au Grand cycle de l’eau dont « la mise en place et l’exploitation de dispositifs de surveillance de la ressource en eau et des milieux aquatiques ». 

Un réseau de suivi de 90 stations réparties sur 5 bassins versants a ainsi été constitué à l’échelle du Pays Basque sous maîtrise d’ouvrage de la Communauté Pays Basque. Ce réseau permet de poursuivre les suivis sur les bassins versants des Côtiers Basques et des Nives et de créer de nouvelles stations de suivi sur les bassins versants de la Bidouze, de l’Adour aval et de ses affluents et du Saison afin d’améliorer les connaissances en fonction des enjeux identifiés sur ces cours d’eau au regard de l’état actuel des masses d’eau, des pressions et des usages.

Le suivi de la qualité des cours d’eau consiste en des prélèvements ponctuels pour réaliser des analyses portant sur différents paramètres physico-chimiques, bactériologiques, chimiques (pesticides) et biologiques. Les fréquences d’échantillonnage et les paramètres analysés seront adaptés aux enjeux identifiés sur chaque bassin versant.