Le territoire se découpe en 5 bassins versants :

• les Côtiers basques ;
• la Nive ;
• la Bidouze
• l’Adour aval
• le Saison et les Gaves.

Chacun a ses propres caractéristiques. En effet, de leur source à l’océan, en traversant les vallées, les cours d’eaux se chargent d’affluents, d’eaux souterraines et d’eau de pluie, de la fonte des neiges. Les reliefs, les éléments paysagers comme les activités humaines influencent le débit et la qualité des cours d’eau. 

Le territoire Basque comprend un réseau hydrographique dense de plus de 5 000 km de cours d’eau (10 000 km de berges). La majorité des cours d’eau du Pays Basque sont non domaniaux, ce qui signifie que le propriétaire riverain (public ou privé) reste le premier responsable de l’entretien de ses berges et du bon écoulement des eaux. 

La Communauté Pays Basque accompagne donc ses riverains dans leur devoir d’entretien au titre de sa compétence GEMAPI (GEstion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations) sur les bassins versants compris en totalité dans son périmètre. Ce sont les bassins versants des fleuves Côtiers Basques (de la Bidassoa à l’embouchure de l’Adour); de la Nive;  de la Bidouze amont et de la Joyeuse. 

Pour les bassins versants qui dépassent les limites de son territoire, elle a transféré sa compétence GEMAPI aux syndicats de rivière en place. Ce qui permet une gestion à une échelle hydrographique cohérente.