Le patrimoine naturel du Pays Basque abrite une biodiversité exceptionnelle et une mosaïque de milieux et de paysages, depuis le littoral rocheux jusqu'aux habitats montagnards en passant par les milieux aquatiques et humides. Il constitue un des piliers de l'identité territoriale.
La flore du Pays Basque abrite de nombreuses espèces de grande valeur patrimoniale, parfois endémiques. les fougères, les plantes carnivores, les mousses et les lichens sont qualitativement et quantitativement importantes en Pays Basque. Les récifs littoraux abritent également une flore algale originale et des habitats naturels que l'on ne retrouve que dans cette zone de l'Atlantique. La majeure partie des espèces végétales remarquables en Pays Basque sont situées sur le littoral, en montagne, dans les zones humides et les coteaux secs.
De la même manière, cette situation géographique particulière contribue à la présence d'une faune rare et fortement patrimoniale. La faune inféodée au littoral basque et au massif des Pyrénées compte de nombreuses espèces animales emblématiques. Parmi ces espèces, notamment pyrénéennes, certaines sont rares ou endémiques : Vipère de Séoane, Grand Tétras, Pic à dos blanc, Desman des Pyrénées, de nombreuses espèces de chauves-souris ou d'insectes, etc... Le Pays Basque est situé sur des axes migratoires d'importance, à la fois pour la faune marine et la faune aviaire, et dispose à ce titre d'une responsabilité forte dans la conservation des espèces migratrices.
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Témoignage des enjeux écologiques présents sur le territoire, le Pays Basque abrite un nombre important de sites identifiés dans le cadre du réseau Natura 2000. Ce réseau est constitué d'une ensemble de sites naturels européens, terrestres et marins, mis en évidence pour la rareté ou la fragilité des espèces sauvages, animales ou végétales, et de leurs habitats. On recense ainsi sur le territoire de la Communauté Pays Basque 31 sites désignés soit au titre de la directive "habitats faune flore" (10), soit au titre de la directive "oiseaux" (21).
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Face à ce constat, la Communauté Pays Basque partage trois défis :
- La pérennisation de l'observation et le partage de la connaissance sur le patrimoine naturel
- La prise en compte du patrimoine naturel dans les politiques de développement et d'aménagement du territoire
- L'appropriation du patrimoine naturel par toutes et tous et dans toutes ses dimensions.
Un premier programme d'actions, déployé dans le cadre de sa labellisation "Pays Basque territoire à énergie positive et pour la croissance verte", a acté fin 2017 un plan stratégique structuré autour de 4 axes de travail :
AXE 1 : Développer le partage de la connaissance du patrimoine naturel.
AXE 2 : Faire du patrimoine naturel un socle des politiques de développement et d'aménagement du territoire.
AXE 3 : Intégrer les services rendus par les écosystèmes dans les filières économiques locales.
AXE 4 : Renforcer la médiation et les liens entre patrimoine naturel et culturel.
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